乌药matK基因的生物信息学及多样性分析

doi:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2022.06.031

湖北农业科学 ›› 2022, Vol. 61 ›› Issue (6): 157-160.doi: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2022.06.031

乌药matK基因的生物信息学及多样性分析

袁莉霞, 王芙蓉, 刘姝, 孙妍, 楼天灵

浙江医药高等专科学校,浙江宁波 315100

收稿日期:2021-05-31 出版日期:2022-03-25 发布日期:2022-04-18
通讯作者: 楼天灵（1985-）,女,硕士,讲师,主要从事植物分子生物学研究,（电子信箱）tianling1126@sina.com。
作者简介:袁莉霞（1992-）,女,浙江杭州人,硕士,主要从事植物分子生物学研究,（电子信箱）ylx1224@126.com。
基金资助:
浙江省基础公益研究计划项目（LGN21H280003）; 宁波市自然科学基金项目（2019A610414）; 浙江省大学生科技创新活动计划项目（2019R458001）; 浙江医药高等专科学校校级重点课题（119014）

Bioinformatics and diversity analysis of matK gene of Lindera aggregate

YUAN Li-xia, WANG Fu-rong, LIU Shu, SUN Yan, LOU Tian-ling

Zhejiang Pharmaceutical College,Ningbo 315100,Zhejiang,China

Received:2021-05-31 Online:2022-03-25 Published:2022-04-18

摘要/Abstract

摘要： 对乌药[Lindera aggregate（Sims）Kosterm]叶绿体matK基因编码的蛋白序列进行了分析,并以11种山胡椒属植物构建了系统进化树。结果表明,matK基因全长为1 628 bp,含有14个开放阅读框;亲水指数为-0.200,为亲水蛋白;乌药与桠乌药（Lindera obtusiloba）和三股筋香（Lindera thomsonii）的亲缘性比较近,与山胡椒（Lindera glauca）亲缘性最远。研究结果可为乌药种质资源鉴别、分类及多样性研究提供参考。

关键词: 乌药, matK基因, 种质鉴别, 遗传多样性

Abstract: Taking chloroplast matK gene of Lindera aggregate（Sims）Kosterm as a research object. This paper analyzed the sequence characteristics of matK encoded protein and the phylogenetic trees of 11 species of Lindera were constructed. The results showed that the full length of matK gene was 1 628 bp, and contained 14 open reading frames （ORFs）; The hydrophilic index was -0.200, which belonged to hydrophilic protein; It was closely related to Lindera obtusiloba and Lindera thomsonii, and farthest to Lindera glauca. This study provides a basis for the identification, classification and diversity of Lindera aggregate.

Key words: Lindera aggregate（Sims）Kosterm, matK gene, germplasm identification, genetic diversity

中图分类号:

R931.5

袁莉霞, 王芙蓉, 刘姝, 孙妍, 楼天灵. 乌药matK基因的生物信息学及多样性分析[J]. 湖北农业科学, 2022, 61(6): 157-160.

YUAN Li-xia, WANG Fu-rong, LIU Shu, SUN Yan, LOU Tian-ling. Bioinformatics and diversity analysis of matK gene of Lindera aggregate[J]. HUBEI AGRICULTURAL SCIENCES, 2022, 61(6): 157-160.

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