从江田鱼肠道微生物多样性分析

doi:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2022.05.011

湖北农业科学 ›› 2022, Vol. 61 ›› Issue (5): 56-59.doi: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2022.05.011

从江田鱼肠道微生物多样性分析

李小义, 申晓东, 张效平, 杨星, 关梅, 王雪

贵州省农业科学院水产研究所/贵州省特种水产工程技术中心,贵阳 550025

收稿日期:2021-03-17 出版日期:2022-03-10 发布日期:2022-04-01
通讯作者: 申晓东（1971-）,男,贵州遵义人,高级水产工程师,（电子信箱） 1093454791@qq.com。
作者简介:李小义（1988-）,女,重庆人,助理研究员,硕士,主要从事水产养殖病害防治研究,（电话）18684153961（电子信箱）lxyw2020@yeah.net。
基金资助:
贵州省科技计划项目（黔科合支撑[2017]2537）; 国家自然科学基金地区基金项目（31660746）; 贵州省特色水产产业技术体系（GZCYTX2019-01102）; 国家特色淡水鱼产业技术体系贵阳综合试验站（CARS-46）

Analysis of the bacterial diversity in the Congjiang field carp’s intestine

LI Xiao-yi, SHEN Xiao-dong, ZHANG Xiao-ping, YANG Xing, GUAN Mei, WANG Xue

Guizhou Fisheries Research Institute, Guizhou Academy of Agricultural Sciences/Guizhou Special Aquatic Products Engineering Technology Center, Guiyang 550025, China

Received:2021-03-17 Online:2022-03-10 Published:2022-04-01

摘要/Abstract

摘要： 对不同养殖时间点（1 d、2个月、5个月）的从江田鱼肠道细菌进行了测序分析。结果表明,RS1（1 d）和RS3（5个月）组样品肠道细菌多样性高于RS2（2个月）组。门水平分析,RS1组样品中厚壁菌门（Firmicutes,33.43%）、蓝细菌（Cyanobacteria,28.15%）、变形菌门（Proteobacteria,22.94%）和拟杆菌门（Bacteroidetes,9.79%）为主要优势菌;RS2组样品中的优势菌门为变形菌门,所占丰度为94.05%,其次为厚壁菌门（2.58%）、梭杆菌门（Fusobacteria,2.05%）和放线菌门（Actinobacteria,0.68%）。RS3组样品中优势菌门为蓝细菌（40.69%）、变形菌门（31.65%）、梭杆菌门（10.30%）和厚壁菌门（8.89%）。属水平分析, RS1组微生物多样性较高,未分类的蓝细菌（unidentified Cyanobacteria,28.11%）丰度最高,其次为Romboutsia（13.33%）、未分类的梭菌属（unidentified Clostridiales,8.37%）、鞘氨醇单胞菌（Sphingomonas,4.62%）等菌属。RS2组样品中,气单胞菌属（Aeromonas）相对丰度最高,为68.86%。RS3组样品中,未分类的蓝细菌相对丰度最高,为40.63%;其次是气单胞菌属（12.41%）、鲸杆菌属（Cetobacterium,10.20%）等菌属。研究结果表明,稻田养殖系统中从江田鱼的肠道细菌群落在不同生长阶段变化明显。

关键词: 肠道细菌, 从江田鱼, 多样性, 高通量测序

Abstract: The intestinal bacterial community at three different stages in Congjiang field carp （1 d, 2 months,5 months） were sequenced and analyzed. The results showed that the RS1（1 d） and RS3 （5 months） group had higher bacterial diversity than the RS2 （2 months） group. At the phylum level,Firmicutes（33.43%）, Cyanobacteria （28.15%）,Proteobacteria（22.94%） and Bacteroidetes （9.79%） dominated the microbiota of the RS1. The intestinal bacterial community in RS2 was dominated by Proteobacteria （94.05%）, followed by Firmicutes （2.58%）, Fusobacteria （2.05%） and Actinobacteria （0.68%）. The dominant bacteria in RS3 group were Cyanobacteria （40.69%）, Proteobacteria （31.65%）, Fusobacteria （10.30%） and Firmicutes （8.89%）. At the genus level, The RS1 had high microbial diversity, with the highest abundance of unidentified Cyanobacteria （28.11%）, followed by Romboutsia （13.33%）, unidentified Clostridiales （8.37%） and Sphingomonas （4.62%）. Aeromonas （68.86%） had the highest relative abundance in the RS2. The intestinal bacterial community in RS3 was dominated by unidentified Cyanobacteria （40.63%）, followed by Aeromonas （12.41%） and Cetobacterium （10.20%）. The results showed that the the intestinal bacterial community of Congjiang field carp in the paddy field culture system changed significantly at different growth stages.

Key words: intestinal microflora, Congjiang field carp, diversity, high-throughput sequencing

中图分类号:

S917.4

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