基于16S rDNA分析湖北半夏内生菌群结构及代谢功能

doi:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2021.23.038

湖北农业科学 ›› 2021, Vol. 60 ›› Issue (23): 172-176.doi: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2021.23.038

基于16S rDNA分析湖北半夏内生菌群结构及代谢功能

王帆帆, 唐涛, 郭杰, 段媛媛, 郭晓亮, 游景茂

湖北省农业科学院中药材研究所,湖北恩施 445000

收稿日期:2021-06-03 出版日期:2021-12-10 发布日期:2021-12-21
通讯作者: 游景茂（1983-）,男,副研究员,（电子信箱）jingmaoyou@126.com。
作者简介:王帆帆（1994-）,女,湖北恩施人,硕士,主要从事中药材病虫害绿色防控研究,（电话）0718-8417890（电子信箱）wff164229@163.com;
基金资助:
湖北省重点研发计划项目（2020BCA059）; 湖北省农业科技创新中心2020年重大科技研发项目（2020-620-000-002-04）; 国家中药材产业技术体系（CARS-21）; 湖北省重点研发项目（2020BBB135）

Analysis of endophytic bacterial diversity and metabolic function in Pinellia ternata from Hubei based on 16S rDNA

WANG Fan-fan, TANG Tao, GUO Jie, DUAN Yuan-yuan, GUO Xiao-liang, YOU Jing-mao

Institute of Chinese Herbal Medicines,Hubei Academy of Agricultural Sciences,Enshi 445000,Hubei,China

Received:2021-06-03 Online:2021-12-10 Published:2021-12-21

摘要/Abstract

摘要： 为探究湖北半夏（Pinellia ternate）内生细菌的多样性、丰度及菌群功能,随机采集半夏植株样品,提取内生细菌基因组DNA,通过PCR扩增获得16S rDNA V3~V4片段。采用IlluminaMiSeq高通量测序技术分析半夏植株中的内生细菌菌群结构,共获得有效序列39 537条和用于物种分类的OTU数681条,包括6门、10纲、23目、29科、45属、26种的细菌。菌落多样性分析表明,湖北半夏内生细菌在门水平上,优势菌群为Proteobacteria,科水平上,Mitochondria和Pseudomonadaceae为优势菌群。功能预测结果表明,湖北半夏内生细菌编码的大多数基因与代谢相关,其次是基因信息处理、环境信息处理。

关键词: 半夏（Pinellia ternate）, 内生细菌, 多样性, 菌群功能

Abstract: In order to explore the diversity, abundance and flora function of endophytic bacteria in Pinellia ternata in Hubei, this study randomly collected samples of Pinellia ternata plants, extracted endophytic bacterial genomic DNA, and obtained 16S rDNA V3~V4 fragments by PCR amplification. The IlluminaMiSeq high-throughput sequencing technology was used to analyze the endophytic bacterial flora structure in Pinellia ternata plants. A total of 39 537 effective sequences and 681 OTUs for species classification were obtained, including 6 phylum, 10 class, 23 order, 29 family, 45 genus, 26 species of bacteria. The analysis of colony diversity indicated that Proteobacteria was the dominant bacteria atthephylumlevel, Mitochondria and Pseudomonadaceae were the dominant bacteriaat the family level. Functional prediction results indicated that most of the genes encoded by endophytic bacteria were related to metabolism, followed by genetic information processing and environmental information processing.

Key words: Pinellia ternate, endophytic bacteria, diversity, flora function

中图分类号:

S482.2⁺92

王帆帆, 唐涛, 郭杰, 段媛媛, 郭晓亮, 游景茂. 基于16S rDNA分析湖北半夏内生菌群结构及代谢功能[J]. 湖北农业科学, 2021, 60(23): 172-176.

WANG Fan-fan, TANG Tao, GUO Jie, DUAN Yuan-yuan, GUO Xiao-liang, YOU Jing-mao. Analysis of endophytic bacterial diversity and metabolic function in Pinellia ternata from Hubei based on 16S rDNA[J]. HUBEI AGRICULTURAL SCIENCES, 2021, 60(23): 172-176.

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基于16S rDNA分析湖北半夏内生菌群结构及代谢功能

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