郧西马头山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

doi:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2025.07.034

湖北农业科学 ›› 2025, Vol. 64 ›› Issue (7): 198-202.doi: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2025.07.034

郧西马头山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

程蕾¹, 刘辰晖¹, 陈杨¹, 向敏¹, 余婕¹, 钟朱夏¹, 夏永春², 杨务军³, 胡修忠¹

1.武汉市农业科学院畜牧兽医研究所,武汉 430065;
2.郧西青青马头羊养殖专业合作社,湖北十堰 442624;
3.郧西县畜牧兽医服务中心,湖北十堰 442624

收稿日期:2024-09-02 出版日期:2025-07-25 发布日期:2025-08-22
作者简介:程蕾（1983-）,女,湖北天门人,高级畜牧师,博士,主要从事动物遗传育种与繁殖研究,（电子信箱）chenglei_011@126.com。
基金资助:
武汉市农业科学院郧西县技术合作项目; 湖北省重点研发计划项目（2021BBA247）

Genetic diversity analysis of mitochondrial DNA D-loop region in Yunxi Matou goat

CHENG Lei¹, LIU Chen-hui¹, CHEN Yang¹, XIANG Min¹, YU Jie¹, ZHONG Zhu-xia¹, XIA Yong-chun², YANG Wu-jun³, HU Xiu-zhong¹

1. Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine, Wuhan Academy of Agricultural Sciences, Wuhan 430065, China;
2. Yunxi Qingqing Matou Goat Breeding Cooperative, Shiyan 442624, Hubei, China;
3. Yunxi County Animal Husbandry and Veterinary Service Center, Shiyan 442624, Hubei, China

Received:2024-09-02 Published:2025-07-25 Online:2025-08-22

摘要/Abstract

摘要： 基于线粒体DNA（mtDNA）D-loop区序列的遗传变异分析,评估郧西马头山羊（Capra hircus）的遗传多样性。通过PCR扩增和测序获得184只郧西马头山羊mtDNA D-loop区全序列,系统分析其核苷酸多态性和单倍型多样性,开展中性检验（Tajima’s D、Fu’s Fs）和错配分布分析,并与不同山羊品种的mtDNA D-loop序列进行聚类分析。结果表明,郧西马头山羊mtDNA D-loop的A、G、C、T 4种碱基占比分别为30.77%、14.26%、26.26%、28.71%,A+T碱基的占比为59.48%,明显高于G+C（40.52%）。郧西马头山羊mtDNA D-loop共有52种单倍型,131个变异位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点80个。Fu’s Fs检验结果显示,Fs为-2.48,显著偏离中性模型（P < 0.05）。郧西马头山羊与其他5个山羊品种（川东白山羊、陕南白山羊、黄淮山羊、北川白山羊、波尔山羊）的系统发育树显示,184个个体被分为3个大分支,分别为2个本地支与1个波尔山羊杂交支。郧西马头山羊群体的多态程度高,遗传多样性丰富,具有较大的育种潜能,但存在周边多个地方山羊品种和波尔山羊的遗传渗入现象。

关键词: 郧西马头山羊（Capra hircus), 线粒体DNA, D-loop区, 遗传多样性

Abstract: The genetic diversity of Yunxi Matou goat（Capra hircus） was evaluated based on genetic variation analysis of mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop region sequences.The complete mtDNA D-loop sequences of 184 Yunxi Matou goats were obtained by PCR amplification and sequencing, followed by systematic analysis of nucleotide polymorphism and haplotype diversity, neutrality tests (Tajima’s D and Fu’s Fs), mismatch distribution analysis, and cluster analysis with mtDNA D-loop sequences from different goat breeds.The results showed that the proportions of A, G, C, and T bases in mtDNA D-loop of Yunxi Matou goat were 30.77%, 14.26%, 26.26%, and 28.71% respectively, with A+T content (59.48%) significantly higher than G+C content (40.52%).There were 52 haplotypes and 131 variable sites in mtDNA D-loop of Yunxi Matou goat, including 51 singleton variable sites and 80 parsimony-informative sites. Fu’s Fs test showed Fs value of -2.48, indicating significant deviation from the neutral model (P< 0.05).The phylogenetic tree of Yunxi Matou goat and other five goat breeds (Chuandong White goat, Shannan White goat, Huanghuai goat, Beichuan White goat, and Boer goat) showed that 184 individuals were divided into three major branches, including two native branches and one Boer goat hybrid branch.The Yunxi Matou goat population showed high polymorphism and rich genetic diversity with great breeding potential, but exhibited genetic introgression from surrounding local goat breeds and Boer goat.

Key words: Yunxi Matou goat（Capra hircus）, mitochondrial DNA, D-loop region, genetic diversity

中图分类号:

S827

程蕾, 刘辰晖, 陈杨, 向敏, 余婕, 钟朱夏, 夏永春, 杨务军, 胡修忠. 郧西马头山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析[J]. 湖北农业科学, 2025, 64(7): 198-202.

CHENG Lei, LIU Chen-hui, CHEN Yang, XIANG Min, YU Jie, ZHONG Zhu-xia, XIA Yong-chun, YANG Wu-jun, HU Xiu-zhong. Genetic diversity analysis of mitochondrial DNA D-loop region in Yunxi Matou goat[J]. HUBEI AGRICULTURAL SCIENCES, 2025, 64(7): 198-202.

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郧西马头山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

Genetic diversity analysis of mitochondrial DNA D-loop region in Yunxi Matou goat

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