堵河源保护区庙台槭无参转录组测序及SSR/SNP候选标记分析

doi:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2026.09.034

湖北农业科学 ›› 2026, Vol. 65 ›› Issue (9): 216-221.doi: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2026.09.034

堵河源保护区庙台槭无参转录组测序及SSR/SNP候选标记分析

万丹¹, 张晓¹, 何博轩², 汪洋¹, 钟昌龙¹

1.湖北生态工程职业技术学院,武汉 430200;
2.湖北省太子山林场管理局,湖北京山 431822

收稿日期:2026-06-22 出版日期:2026-09-25 发布日期:2026-09-17
通讯作者: 钟昌龙(1980-),男,湖北武汉人,副教授,主要从事园林园艺研究,(电子信箱)ZhongChanglong@hbstxy.edu.cn。
作者简介:万丹(1979-),女,湖北武汉人,副教授,主要从事林业生态经济研究,(电子信箱)541730733@qq.com
基金资助:
湖北省教育厅科研指导项目(B2023569)

De novo transcriptome sequencing and candidate SSR/SNP marker analysis of Acer miaotaiense from the Duheyuan Nature Reserve

WAN Dan¹, ZHANG Xiao¹, HE Bo-xuan², WANG Yang¹, ZHONG Chang-long¹

1. Hubei Ecology Polytechnic College, Wuhan 430200, China;
2. Taizishan Forest Farm Administration Bureau of Hubei Province, Jingshan 431822, Hubei, China

Received:2026-06-22 Published:2026-09-25 Online:2026-09-17

摘要/Abstract

摘要： 为构建庙台槭(Acer miaotaiense)转录组序列资源并挖掘候选分子标记位点,以堵河源保护区6个庙台槭单株的叶片样品为材料,采用Illumina NovaSeq 6000平台进行无参转录组测序,并开展功能注释及简单重复序列(SSR)、单核苷酸多态性(SNP)位点识别。结果表明,6个样品共获得39 387 509 162 bp Clean Data,Q30为89.76%~94.02%,GC含量为43.76%~44.31%。经Trinity组装获得98 641条Transcript和43 501条Unigene,Unigene平均长度为1 119.20 bp,N50为2 082 bp;其中26 276条Unigene在至少1个数据库中获得注释。共检测到11 738个候选SSR位点,以单碱基重复为主;6个样品分别检测到111 195~117 726个候选SNP位点,且以杂合型SNP为主。

关键词: 庙台槭(Acer miaotaiense), 无参转录组, 功能注释, 简单重复序列(SSR), 单核苷酸多态性(SNP), 分子标记

Abstract: To construct transcriptomic sequence resources for Acer miaotaiense and identify candidate molecular marker loci, leaf samples from six individual trees collected in the Duheyuan Nature Reserve were used as materials and subjected to de novo transcriptome sequencing using the Illumina NovaSeq 6000 platform, followed by functional annotation and identification of simple sequence repeat(SSR) and single nucleotide polymorphism (SNP) loci. The results showed that a total of 39 387 509 162 bp of clean data were obtained from the six samples, with Q30 values of 89.76%-94.02% and GC contents of 43.76%-44.31%. Through Trinity assembly, 98 641 transcripts and 43 501 unigenes were generated, with an average unigene length of 1 119.20 bp and an N50 of 2 082 bp. Among these, 26 276 unigenes were annotated in at least one database. In total, 11 738 candidate SSR loci were detected, with mononucleotide repeats being the most abundant type. In each sample, 111 195-117 726 candidate SNP loci were detected, with heterozygous SNPs predominating.

Key words: Acer miaotaiense, de novo transcriptome, functional annotation, simple sequence repeat(SSR), single nucleotide polymorphism (SNP), molecular markers

中图分类号:

万丹, 张晓, 何博轩, 汪洋, 钟昌龙. 堵河源保护区庙台槭无参转录组测序及SSR/SNP候选标记分析[J]. 湖北农业科学, 2026, 65(9): 216-221.

WAN Dan, ZHANG Xiao, HE Bo-xuan, WANG Yang, ZHONG Chang-long. De novo transcriptome sequencing and candidate SSR/SNP marker analysis of Acer miaotaiense from the Duheyuan Nature Reserve[J]. HUBEI AGRICULTURAL SCIENCES, 2026, 65(9): 216-221.

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