Optimization of the ISSR system and primer screening for caulis spatholobi

doi:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2024.01.037

Abstract

Abstract: The stem of caulis spatholobi was used as the experimental material for DNA extraction using the improved CTAB method. The ISSR-PCR reaction system was optimized and constructed using orthogonal and single factor experiments. The results showed that the optimal ISSR-PCR reaction system for caulis spatholobi was DNA template 60 ng, Taq enzyme 2.00 U, Mg²⁺ concentration 1.75 mmol/L, dNTP concentration 0.25 mmol/L, primer concentration 0.20 μmol/L, and optimal annealing temperature 44.6 ℃. 20 ISSR primers suitable for caulis spatholobi from were selected 100 ISSR primers.

Key words: caulis spatholobi, ISSR, molecular markers, primer screening, orthogonal design, system optimization

CLC Number:

S567.1

LI Jin-mei, WANG Yi-ting, PAN Li-mei, HUANG Xiao-dong, TAN Yong, RU Mei, LIU Wen. Optimization of the ISSR system and primer screening for caulis spatholobi[J]. HUBEI AGRICULTURAL SCIENCES, 2024, 63(1): 206-211.

References

[1] 国家药典委员会.中华人民共和国药典(一部)[S].北京:中国医药科技出版社,2020.202.
[2] 刘静,王晓静,戴忠,等.鸡血藤研究进展[J].中国药事,2019,33(2):188-194.
[3] 陈乾平,谷筱玉,龙海荣,等.不同产地鸡血藤药材中芒柄花素及总黄酮的含量测定[J].当代化工,2016,45(7):1549-1552.
[4] 秦双双,朱艳霞,韦坤华,等.鸡血藤的本草沿革与黄酮类成分及其药理学研究进展[J].中国中药杂志,2018,43(11):2216-2223.
[5] ZIETKIEWICZ E, RAFALSKI A, LABUDA D.Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification[J]. Genomics, 1994, 20(2):176-83.
[6] 王刚,曹佩,韦学敏,等.分子标记技术在药用植物种质资源研究中的应用[J].中国现代中药,2019,21(11):1435-1444.
[7] 时圣明,潘明佳,王洁,等.分子鉴定技术在中药中的应用[J].中草药,2016,47(17):3121-3126.
[8] 段媛媛,罗孝荣,周武先,等.淫羊藿ISSR-PCR反应体系的建立与优化[J].分子植物育种,2020,18(2):482-487.
[9] 唐雨晨,岳鑫,张屏,等.藜芦ISSR-PCR反应体系的建立与优化[J].分子植物育种,2020,18(15):5054-5062.
[10] 何正文,刘运生,陈立华,等.正交设计直观分析法优化PCR条件[J].湖南医科大学学报,1998(4):76-77.
[11] 段中岗,黄琼林,杨锦芬,等.适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法的研究[J].中药新药与临床药理,2009,20(5):480-484.
[12] 陈士林,姚辉,韩建萍,等.中药材DNA条形码分子鉴定指导原则[J].中国中药杂志,2013,38(2):141-148.
[13] 任梦云,陈彦君,张盾,等.ISSR标记技术在药用植物资源中的研究进展及应用[J].生物技术通报,2017,33(4):63-69.
[14] 张玉秀,刘杨,刘培卫,等.不同产地温莪术遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析[J].世界科学技术—中医药现代化,2020,22(8):2845-2850.
[15] 刘胜坤,胡剑民,朱红军,等.基于ISSR的重楼种质资源遗传多样性研究[J].湖北林业科技,2020,49(5):20-23.
[16] 余伟军,姚红,孙瑞琦,等.铁线莲属植物ISSR-PCR反应体系优化及遗传多样性分析[J].植物资源与环境学报,2019, 28(2):42-48.
[17] 胡珊,陈洪毅,邬龙怡,等.DNA条形码及ISSR技术对广藿香种质资源的分析[J].现代中药研究与实践,2019,33(1):8-11.
[18] 何天友,瞿印权,徐雯,等.泽泻ISSR反应体系的建立与优化[J].安徽农学通报,2017,23(7):23-26,100.
[19] 丁雯,李泽,杜晨晖,等.酸枣仁ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选[J].分子植物育种,2020,18(23):7834-7839.
[20] 黄晓慧,巫伟峰,陈春,等.中国兰ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选[J].南方农业学报,2018,49(7):1282-1288.
[21] 任夏萌,李欣怡,丁群英.大叶铁线莲ISSR反应体系的建立与优化[J].山西农业科学,2019,47(12):2083-2087.
[22] 周武,王驰,胡娜,等.中国沙棘ISSR-PCR反应体系的建立和优化[J].分子植物育种,2019,17(16):5357-5367.