狗枣猕猴桃AkMYB5基因的生物信息学分析

doi:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2020.11.028

湖北农业科学 ›› 2020, Vol. 59 ›› Issue (11): 134-137.doi: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2020.11.028

狗枣猕猴桃AkMYB5基因的生物信息学分析

刘丹, 李然红, 陈鑫, 王立凤

牡丹江师范学院生命科学与技术学院, 黑龙江牡丹江 157012

收稿日期:2019-07-20 出版日期:2020-06-10 发布日期:2020-08-06
作者简介:刘丹（1982-）, 女, 河南洛阳人, 实验师, 主要从事植物学研究, （电话）13604630351（电子信箱）swxld1@126.com。
基金资助:
黑龙江省教育厅项目（1354MSYYB006; 1354MSYYB007）; 黑龙江省教育厅备案项目（1351MSYYB007）; 北方药食技术工程中心专项（PT2018011）

Bioinformatics analysis of AkMYB5gene from Actinidia kolomikta （Maxim. et Rupr.）, Maxim

LIU Dan, LI Ran-hong, CHEN Xin, WANG Li-feng

College of Life Science and Technology, Mudanjiang Normal University, Mudanjiang 157012, Heilongjiang, China

Received:2019-07-20 Online:2020-06-10 Published:2020-08-06

摘要/Abstract

摘要： 为研究狗枣猕猴桃[Actinidia kolomikta （Maxim. et Rupr.） Maxim.]AkMYB5的功能, 利用生物信息学工具和方法, 对其编码蛋白质的理化性质、亲水/疏水性、跨膜结构、结构功能域、二级结构、三级结构、蛋白质修饰位点及同源性等进行分析和预测。结果表明, AkMYB5的cDNA全长为1 339 bp, CDS为1 053 bp, 编码蛋白由351个氨基酸构成的亲水性非稳定蛋白, 属于MYB5蛋白家族（PLN03212）, 主要构件为α-螺旋和不规则卷曲, 与其他18种植物的MYB氨基酸序列进行比对发现, 其与中华猕猴桃变种（Actinidia chinensis var. chinensis）AkMYB5的亲缘关系较近。

关键词: 狗枣猕猴桃[Actinidia kolomikta （Maxim. et Rupr.） Maxim.], AkMYB5, 生物信息学

Abstract: To obtain information about AkMYB5 gene from Actinidia kolomikta （Maxim. et Rupr.） Maxim., the bioinformatics methods and tools were used to analysis the physical and chemical properties, hydrophilicity/hydrophobicity, transmenbranne domain, structure and function domain , secondary structure, tertiary structure, protein modification sites and homology of MYB5 from Actinidia kolomikta. The results showed that the length of AkMYB5 cDNA was 1 339 bp and the coding area was 1 053 bp coding 351 amino acid. AkMYB5 was a unstable and hydrophilic protein belonging to the MYB5 superfamily （PLN03212）. The analysis also demonstrated that AkMYB5 main component was Alpha-helix and random coil. Compaired to MYBs of the other 18 plants, AkMYB5 had near relationships with Actinidia chinensis var. chinensis.

Key words: Actinidia kolomikta （Maxim. et Rupr.） Maxim., AkMYB5, bioinformatics

中图分类号:

S663.4
Q75

刘丹, 李然红, 陈鑫, 王立凤. 狗枣猕猴桃AkMYB5基因的生物信息学分析[J]. 湖北农业科学, 2020, 59(11): 134-137.

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