基于网络药理学及分子对接探讨灵芝药理机制

doi:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2023.10.015

湖北农业科学 ›› 2023, Vol. 62 ›› Issue (10): 83-90.doi: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2023.10.015

基于网络药理学及分子对接探讨灵芝药理机制

陈姎玲¹, 潘小芳¹, 徐浩¹, 陈睿¹, 霍丽妮¹, 梁燕²

1.广西中医药大学药学院,南宁 530200;
2.广西医科大学药学院,南宁 530021

收稿日期:2022-05-30 发布日期:2023-11-14
通讯作者: 霍丽妮,教授,博士,主要从事中药化学以及中药药理学研究,（电话）0771-4953513（电子信箱）huolini@126.com。
作者简介:陈姎玲（1995-）,女,广西合浦人,在读硕士研究生,研究方向为天然活性成分及药理活性,（电子信箱）2231317828@qq.com。
基金资助:
广西中医药大学2021年研究生教育创新计划项目（YCXJ2021008）; 壮瑶药协同创新中心（桂教科研[2013]20号）; 广西壮瑶药重点实验室项目（桂科基字[2014]32号）; 广西重点学科壮药学项目（桂教科研[2013]16号）; 广西一流学科中药学项目（中药学方向）（桂教科研[2018]12号）

Explore the pharmacological mechanism of Ganoderma lucidum based on network pharmacology and molecular docking

CHEN Yang-ling¹, PAN Xiao-fang¹, XU Hao¹, CHEN Rui¹, HUO Li-ni¹, LIANG Yan²

1. School of Pharmacy, Guangxi University of Chinese Medicine,Nanning 530200, China;
2. Pharmaceutical College, Guangxi Medical University, Nanning 530021, China

Received:2022-05-30 Published:2023-11-14

摘要/Abstract

摘要： 通过网络药理学方法和分子对接探讨灵芝（Ganoderma lucidum）的活性成分及药理机制。以口服利用度和类药性为评估指标,从TCMSP数据平台中筛选灵芝活性成分,在Swiss target prediction平台预测活性成分潜在的靶点,利用David数据库进行GO分析和KEGG Pathway富集分析,利用Cytoscape 3.8.0软件构建“活性成分-靶点-通路”网络,预测灵芝活性成分的药理机制,最后采用Sybyl-x 2.0软件对代表性化合物进行分子对接验证。结果表明,筛选得到灵芝多糖、三萜类及甾体类共16个活性成分,KEGG富集分析得到AR、CYP17A1、CYP19A1、NR1H2、NRIH3、CYP17A1、CYP19A1、TDP1、MAPT等37个关键靶点,涉及Steroid hormone biosynthesis、Vascular smooth muscle contraction、Calcium signaling pathway等15条作用通路。分子对接结果表明,60%以上的活性成分与关键靶点具有较好的结合能力,其中化合物麦角甾-7,22-二烯-3β-醇亚油酸酯与靶点蛋白HSD17B2的结合评分最高。网络药理学分析结果表明,灵芝的活性成分主要通过血管平滑肌收缩、类固醇激素生物合成、胰岛素抵抗等通路对心脑血管、肿瘤等疾病发挥疗效。

关键词: 灵芝（Ganoderma lucidum）, 网络药理学, 分子对接, 活性成分, 药理机制

Abstract: The network pharmacology and molecular docking were employed to investigate the active ingredients and pharmacological mechanism of Ganoderma lucidum. Taking oral availability and drug-like properties as evaluation indexes, active ingredients of Ganoderma lucidum were screened from the TCMSP data platform, potential targets of active ingredients were predicted in the Swiss target prediction platform, and GO analysis and KEGG Pathway enrichment analysis were conducted using the David database. The “active ingredients-target-pathway” network was constructed using Cytoscape 3.8.0 software to predict the pharmacological mechanism of the active ingredients of Ganoderma lucidum, and Sybyl-x 2.0 software was used to carry out the molecular docking verification. The results showed that 16 active ingredients were screened from polysaccharides, triterpenoids and steroids of Ganoderma lucidum, and 37 key targets, including AR, CYP17A1, CYP19A1, NR1H2, NRIH3, CYP17A1, CYP19A1, TDP1 and MAPT, were obtained by KEGG enrichment analysis. It involved 15 pathways, including Steroid hormone biosynthesis, Vascular smooth muscle contraction and Calcium signaling pathway. Molecular docking results showed that more than 60% of the active ingredients had good binding ability to the key targets, and the compound ergostere-7, 22-diene-3β-ol linoleate had the highest binding score to the target protein HSD17B2. The results of network pharmacological analysis showed that the active ingredients of Ganoderma lucidum mainly exerted therapeutic effects through vascular smooth muscle contraction, steroid hormone biosynthesis, insulin resistance and other pathways in cardiovascular and cerebrovascular diseases, tumors and other diseases.

Key words: Ganoderma lucidum, network pharmacology, molecular docking, active ingredients, pharmacological mechanism

中图分类号:

R285

陈姎玲, 潘小芳, 徐浩, 陈睿, 霍丽妮, 梁燕. 基于网络药理学及分子对接探讨灵芝药理机制[J]. 湖北农业科学, 2023, 62(10): 83-90.

CHEN Yang-ling, PAN Xiao-fang, XU Hao, CHEN Rui, HUO Li-ni, LIANG Yan. Explore the pharmacological mechanism of Ganoderma lucidum based on network pharmacology and molecular docking[J]. HUBEI AGRICULTURAL SCIENCES, 2023, 62(10): 83-90.

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